Colonia El Ombú nace en el año 1950, formada por un grupo de inmigrantes procedente de Europa. Desde sus comienzos se dedicaron a la obtención de productos de granja, enfocándose con los años, en la actividad lechera.
El 27 de octubre de 1948 llegó a Montevideo un grupo de 751 refugiados menonitas provenientes de Alemania y Polonia en el barco Volendam. El estado uruguayo los alojó en dos campamentos militares en el departamento de Colonia y en las Termas del Arapey.
Los colonos comenzaron a buscar campos para poder dejar estos campamentos militares y asentarse en un lugar definitivo con sus familias. Finalmente, lograron comprar un campo de 1200 hectáreas que fue dividido entre 80 familias. Este lugar recibió el nombre de Colonia El Ombú.
Estos inmigrantes estaban conscientes que, teniendo el único mercado grande en Montevideo, a 300 kms. de distancia, cada productor como individuo era demasiado débil y las chacras, por sí solas, demasiado pequeñas. Sin embargo, como grupo unido tendrían la fuerza suficiente para sobrevivir. Así fue como, el 23 de setiembre de 1950, se funda la Cooperativa Agropecuaria Ltda. “Las Flores de Río Negro”.
Después de más de 60 años la cooperativa sigue trabajando con la misma visión: "brindar un servicio cada vez más confiable y más comprometido con la comunidad, los clientes y los empleados.”